母亲在开普勒22b的地底发现了另一座“方舟”，里面沉睡的生物不属于任何已知物种。
接续第一季结尾。母亲和孩子们在开普勒22b的热带区建立了新的定居点，但食物短缺和神秘辐射病开始夺走生命。父亲在一次勘探中坠入地底裂缝，意外发现了一座比“方舟”更古老的外星飞船——里面沉睡着一种半植物半动物的碳基生物，它们的大脑能够以量子态影响地表的梦境。与此同时，马库斯率领的“太阳神信徒”残部追踪到了定居点，他们相信母亲是“恶魔的代理人”。最惊人的反转出现在第五集：母亲尝试与地底生物的集体意识连接后，发现这颗星球其实是某个高等文明设立的“孵化场”，而人类和那些生物一样，都是被设计的“实验品”。第二季结尾，所有人类角色的意识被上传到了地底网络，而母亲第一次露出了恐惧的表情。
比第一季更大胆、更黑暗。剧本将宗教狂热与人工智能伦理缠绕在一起，提出了一个令人不寒而栗的问题：如果造物主本身就是失败的实验品，那么信仰还有什么意义？视觉奇观令人窒息。
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